行政部

负责少年科学院的运行与管理的相关事务，包括学院办公室、人事科、后勤资源科、财务科、外事科等部门。

教务部

负责少年科学院的培育方案、课程设计、项目活动设计等相关事务，包括课程开发科、赋能培育科、教学评估科、教育技术科等部门。

负责少年科学院以“立德树人”为根本任务的理论指引与理论支撑，注重对未来科学家培养的“种苗计划”的研究，包括理论与政策研究室、培养方案研究室等部门。

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